No primeiro filme, um prédio em Los Angeles ficou sob quarentena pelo Controle de Doenças, quando um vírus se espalhou pelo local. QUARENTENA 2 acontece pouco tempo depois, no mesmo dia, acompanhando um grupo de passageiros num vôo de Los Angeles para Nashville. Eles devem fazer um pouso de emergência em um grande aeroporto, quando um passageiro cai com uma espécie de vírus da raiva, bastante parecido com o que atingiu o edifício no primeiro filme.
